Die bundesweite Dachorganisation der AK bildet die Bundeskammer für Arbeiter und Angestellte (BAK).
Präsident der BAK ist Herbert Tumpel.

Um möglichst nahe bei den Mitgliedern sein zu können, gibt es in jedem Bundesland eine Länderkammer für ArbeiternehmerInnen und Angestellte. Welche Länderkammer Ansprechpartner für das jeweilige Mitglied ist, hängt nicht vom Wohnort, sondern vom Standort des Betriebes ab.

Die AK kann sich durch diese Struktur selbstverwalten und sich unabhängig von Regierung und Wirtschaft für ihre Mitglieder einsetzen („Selbstverwaltungskörper“), was vom Gesetzgeber so auch gewollt ist. Voraussetzung dafür ist die gesetzlich definierte Mitgliedschaft (auch „Pflichtmitgliedschaft“ genannt).

Außer in den vom Staat übertragenen Verwaltungsaufgaben sind die Kammern völlig autonom - der Staat hat keinerlei Weisungen zu erteilen. Die Arbeiterkammern unterliegen jedoch der staatlichen Aufsicht, zuständiges Aufsichtsorgan ist das Bundesministerium für Soziales, Arbeit und Konsumentenschutz, Abteilung VII/8.